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천연의 물질에서 추출하고 정제하여 얻어진 색소로서 인공 합성색소와는 다르게 안정성이 높아 신뢰성이 있고 또 색조의 종류가 많아 다양하게 조합할 수 있으며 식용가능한 성분이 대부분이기 때문에 모든 식품의 착색에 유용하다. 특히 식품에 착색시킬 때 착색 효과면에서 색조가 자연스럽고 거부 반응이 없으므로 사용자가 부담없이 사용할 수 있고 사용량에 대한 제한도 없다. 다만 착색원료의 제한성과 종류에 따라서 가격이 비싸며 쉽게 구할 수 없다는 단점을 가지고 있으나 새로운 생물학적 기술로 이를 극복하여 보다 기능성이 뛰어난 색소가 개발되어야 할 것이다.
 
제품명
카라멜 색소 카라멜의 원료로는 크게 나누어 전분류와 설탕류로 만들어지며 이를 열처리하여 얻을 수 있는데 그 가열방법은 크게 상압법과 가압법이 있고 그 제법의 차이에 따라 분류하여 사용한다. 대략적으로 볼 때 음료가 20% 정도이고 간장이 20%, 소스가 10%, 라면 스프와 조미 국물 등의 조미료가 10%, 제과 및 디저트가 10%, 기타가 30% 정도이다.
안나토 색소 안나토색소는 중남미의 베니노키과 베니노키 종자의 겉 표면으로부터 추출하여 얻을 수 있는 것으로 주성분은 빅신과 노르빅신이다. 이 색소는 황색, 주황색을 나타낸다.
파프리카 색소 파프리카 색소는 가지과 식물인 파프리카의 과실로부터 추출한 주황색 - 적색소로서 주성분은 캡사이신이다. 카로틴보다 진한 붉은색을 띠며 카로티노이드 색소중에서는 붉은색이 가장 강하다.
코치닐 색소 패각충과 연지벌레(코치닐)의 건조체로부터 추출하여 얻어진 주황색 - 적자색 색소로 주성분은 안트라퀴논계의 카르민산이다. 주요원산지는 페루, 칠레 등의 중남미이며 적색소로서 용도가 광범위하다.
락 색소 패각충과 락패각충(Laccifer Lacca KERR)의 유충이 분비하는 수지상물질을 추출하여 얻어지는 색소로서 주성분은 안트라퀴논계의 락카인산(Laccaic Acid)이다.
모나스커스(홍국)색소 모나스커스속의 균이 생산하는 색소로서 균체를 포함하는 배양물로부터 알코올로 추출하여 얻을 수 있는 모나스콜부린과 루블로판크타친을 주요성분으로 하는 적색소이다.
치자색소 치자나무 과실로부터 황색, 청색, 적색의 3종류 색소를 얻을 수 있는데 일반적으로 사용되는 것은 황색이며 밝은 황색이 특징이다. 주색소는 카로티노이드계통의 클로신, 클로센틴으로 카로티노이드계에서는 보기드문 수용성이다.
홍화 황 색소 (잇꽃색소) 잇꽃은 물로 추출해서 얻을 수 있는 황색소와 황색소를 제거하고 약알칼리에서 추출한 적색소가 있다. 황색소는 주색소가 후라보노이드계 사후로민이다.
적 양배추 색소 유채과 붉은 양배추의 잎으로부터 물로 추출하여 얻어지는 적색과 적자색의 색소로 주색소는 안토시아닌 이다.
고량(수수) 색소 벼과 고량(수수)의 열매의 껍질로부터 얻어지는 색소로서 주성분은 후라보노이드계의 아피게닌(Apigenin)이다.
포도추출 색소 포도과 포도(껍질, 과실)색소에는 껍질로부터 얻는것과 과즙으로부터 얻어지는 것이 있는데 모두 주색소는 안토시아닌 계통이고 적색과 적자색을 나타낸다.
비트레드 색소 명아주과 비트(Beta Vulgaris L.)의 건조 근경을 에틸알코올, 유지 또는 유기용제로 추출하여 얻는 색소로서 주성분은 베타인계의 베타닌이다.
오징어 먹물 색소 갑오징어과 동고오징어(Sepia officiralis L.) 등의 먹물 주머니의 내용물에서 얻어지는 색소이다.
카카오 색소 벽오동과 카카오나무(Theobroma cacao L.)의 종자를 발효 배소 시킨 다음 물로 추출해 얻어지는 색소이다.